El declive del escribano está siendo simultaneo al de otras especies cuya biología está ligada a los medio agrícolas. La principales amenazas para la especie provienen de los cambios en los usos agrarios, la intensificación agrícola conlleva un mayor uso de productos fitosanitarios, pesticidas, herbicidas, etc., lo que elimina muchas de las plantas acompañantes de los cultivos, suprime los linderos y aumenta la superficie de regadíos. Perdiéndose insectos y semillas que son buena parte de los recursos alimentarios para el escribano, especialmente en la estación de cría cuando los artrópodos suponen el 100% de la dieta.
Por otro lado, la gestión de zonas húmedas también ha supuesto la pérdida de superficies de carrizal en épocas cruciales para la cría del escribano palustre o, directamente, la desecación o contaminación de importantes extensiones de zonas encharcadas. La gestión inadecuada de las masas de carrizo, puesto que los cañizos demasiado viejos tienden a tumbarse no resultando atractivos para los palustres, también ha llevado a la desaparición de la especie en algunas localidades.
La gestión de los carrizales y la implantación de medidas agroambientales son medidas imprescindibles a tomar. En el primer caso, la quema de carrizo debe estar sujeta a una cierta regulación, que permita mantener dormideros alternativos para las aves en las zonas donde se lleve a cabo; y zonas de reproducción. Las políticas agrícolas deben adecuarse a las necesidades de conservación de las aves en determinadas zonas, promoviendo el mantenimiento de una agricultura tradicional, con un menor uso de productos químicos, mantenimiento de barbechos y rastrojos y una visión más positiva de las plantas arvenses, generalmente consideradas como malas hierbas. Además, hay que proteger todos los humedales donde críen los escribanos palustres y mejorar la gestión de su vegetación.