SEO/BIrdLife tiene su sede social central en Madrid, pero cuenta con delegaciones en Andalucía, Aragón, Canarias, Cantabria, Cataluña, la Comunidad Valenciana y Extremadura.

Estas delegaciones ejecutan gran cantidad de actividades y campañas, además de coordinar a nivel autonómico algunos programas de ámbito estatal.

SEO/BirdLife tiene además oficinas especiales en el Delta del Ebro y Doñana que realizan actividades de investigación y conservación relacionadas directamente con estos territorios tan importantes para la avifauna europea.